É um antiviral indicado principalmente para o tratamento de retinite por citomegalovírus (CMV) em pacientes com AIDS avançada. Além disso, em situações off-label ou emergenciais, pode ser usado para infecções por outros vírus DNA, como adenovírus e poxvírus (incluindo casos de monkeypox grave ou varíola, em protocolos específicos).
O cidofovir é um análogo de nucleotídeo que inibe a replicação viral ao bloquear a DNA polimerase do vírus, impedindo a multiplicação do material genético viral.

A administração é exclusivamente por via intravenosa e sempre acompanhada do uso de probenecida e hidratação intravenosa, para reduzir o risco de nefrotoxicidade, um de seus efeitos adversos mais importantes.