É um antibiótico utilizado especificamente para o tratamento de infecções intestinais por Clostridioides difficile (anteriormente Clostridium difficile), uma bactéria que pode causar diarreia grave e colite associada ao uso de antibióticos.
A fidaxomicina é um antibiótico macrolídeo com ação bactericida localizada no intestino. Ela inibe a síntese de RNA da bactéria, causando sua morte, mas tem absorção mínima pelo trato gastrointestinal, o que a torna ideal para infecções intestinais, com menor risco de efeitos sistêmicos.